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27 de octubre de 2011

No hay crisis, no estamos en extincion, ni somos ermitaños.

Ellos dicen que los taxónomos no estamos en peligro de extinción, ni somos ermitaños antisociales. Segun ellos, no hay crisis en la taxonomia! Esa es la conclusión de un estudio recientemente publicado en TREE:

Lucas N. Joppa, David L. Roberts, Stuart L. Pimm, The population ecology and social behaviour of taxonomists, Trends in Ecology & Evolution, Volume 26, Issue 11, November 2011, Pages 551-553, ISSN 0169-5347, 10.1016/j.tree.2011.07.010.
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169534711002084

Entre varios análisis que presentan, uno me llama la atención: el numero de especies describibles e investigables por taxónomos esta decreciendo! ..... Yo ya aparte mi grupo ..... grrrrrr .... :))

-
Esta es parte de la gráfica 1:

Trends over time in species discovery rates and taxonomic effort. (a) The number of species described per 5 years, (b) the cumulative number of species, (c) the number of taxonomists involved in species descriptions and the (d) species per taxonomists.

Segun esto, el número de especies descritas ha aumentado (A) y el de taxónomos se ha incrementado ..... exponencialmente! (C).

Siendo la referencia de partida los años 1800s, no me resulta sorprendente, ni creo que sea significativo este tipo de incrementos: todo se ha incrementado! No se cuales son los datos, ni de donde vienen, pues los datos no se presentan en el articulo. Pero se esperaría que los datos fueran de algún modo estandarizados, por ejemplo, numero de taxónomos proporcional a la población? Visto asi probablemente el numero de taxónomos no se ha incrementado tanto como otras cosas desde los 1800s!

PD:
Solo como un ejemplo reciente, lean esta nota sobre el estado de la taxonomia en Canada.
Taxonomy in trouble in Canada - November 18, 2010
.... y esta otra nota sobre la Taxonomia en Latinoamerica:
Análisis cienciométrico del estado de la Sistemática en Latinoamerica

Como ven?

6 de mayo de 2011

Faster exact maximum parsimony search with XMP

W. Timothy J. White1, and Barbara R. Holland. 2011. Faster exact maximum parsimony search with XMP. Bioinformatics (2011) 27 (10): 1359-1367. doi: 10.1093/bioinformatics/btr147 First published online: March 27, 2011


Abstract

Motivation: Despite trends towards maximum likelihood and Bayesian criteria, maximum parsimony (MP) remains an important criterion for evaluating phylogenetic trees. Because exact MP search is NP-complete, the computational effort needed to find provably optimal trees skyrockets with increasing numbers of taxa, limiting analyses to around 25–30 taxa. This is, in part, because currently available programs fail to take advantage of parallelism.

Results: We present XMP, a new program for finding exact MP trees that comes in both serial and parallel versions. The serial version is faster in nearly all tests than existing software. The parallel version uses a work-stealing algorithm to scale to hundreds of CPUs on a distributed-memory multiprocessor with high efficiency. An optimized SSE2 inner loop provides additional speedup for Pentium 4 and later CPUs.

Availability: C source code and several binary versions are freely available from http://www.massey.ac.nz/~wtwhite/xmp.
The parallel version requires an MPI implementation, such as the freely available MPICH2.

4 de mayo de 2011

Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis

BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl
Rutger A Vos, Jason Caravas, Klaas Hartmann, Mark A Jensen, Chase Miller.
BMC Bioinformatics 2011, 12:63
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/63
open access

Abstract
Background
Phyloinformatic analyses involve large amounts of data and metadata of complex structure. Collecting, processing, analyzing, visualizing and summarizing these data and metadata should be done in steps that can be automated and reproduced. This requires flexible, modular toolkits that can represent, manipulate and persist phylogenetic data and metadata as objects with programmable interfaces.
Results
This paper presents Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis. It implements classes and methods that are compatible with the well-known BioPerl toolkit, but is independent from it (making it easy to install) and features a richer API and a data model that is better able to manage the complex relationships between different fundamental data and metadata objects in phylogenetics. It supports commonly used file formats for phylogenetic data including the novel NeXML standard, which allows rich annotations of phylogenetic data to be stored and shared. Bio::Phylo can interact with BioPerl, thereby giving access to the file formats that BioPerl supports. Many methods for data simulation, transformation and manipulation, the analysis of tree shape, and tree visualization are provided.
Conclusions
Bio::Phylo is composed of 59 richly documented Perl5 modules. It has been deployed successfully on a variety of computer architectures (including various Linux distributions, Mac OS X versions, Windows, Cygwin and UNIX-like systems). It is available as open source (GPL) software from http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo

8 de marzo de 2011

TaXmeX: Colección bibliográfica sobre taxonomía publicada en México ¡en línea!




TaXmeX: Colección bibliográfica sobre taxonomía publicada en México

¡Ya está disponible en línea!
Coleccion artículos taxonómicos publicados en México durante el siglo XX, esta base contiene cerca del 90% de la información producida sobre taxonomía en México durante el siglo XX y tiene aplicación histórica y taxonómica. Consta de 57 revistas capturadas, 28 revistas examinadas, 1079 volúmenes analizados, 1329 números analizados, 6578 artículos capturados, 6150 artículos analizados, 79,294 páginas totales, 2460 autores capturados, 2331 autores analizados pertenecientes a 44 países y 164 instituciones mexicanas, y 31 tipos de trabajo taxonómico, por mencionar los más importantes.

Ya está cargada el 100% de la información estamos en la fase de validación y normalización. En breve iniciaremos la actualización, fase en la que completaremos la bibliografía publicada a partir del año 2000.
Disponible en:

Mas información:

Michán, L., & Llorente, J. (2003). La taxonomía en méxico durante el siglo XX. Publ. Esp. Mus. Zool , 13 , 1-250.
URL http://sistemas.fciencias.unam.mx/\~layla/2003/tesisdoctoradolayla.pdf

18 de octubre de 2010

A response to recent proposals for integrative taxonomy

Authors: PADIAL, JOSÉ M.; DE LA RIVA, IGNACIO1

Source: Biological Journal of the Linnean Society, Volume 101, Number 3, November 2010 , pp. 747-756(10)
http://www.ingentaconnect.com/content/bsc/bij/2010/00000101/00000003/art00019

Abstract:
Several proposals have been launched under the new concept `integrative taxonomy' to frame the future development of species discovery and description. We consider that some of those proposals have failed to be truly integrative, by not acknowledging the limitations of operational definitions of species, by defending some kinds of evidence as universally superior, by considering taxonomy to be irreconcilable with population genetics, or by ignoring that the heterogeneity of evolutionary processes often precludes full character congruence in species. Here we defend a taxonomy where species exist, but not in any particular way everyone might want them to exist; a taxonomy open to data and methods from population biology, phylogeography and phylogenetics, as well as any other discipline providing evidence about the origin and evolution of species. This new taxonomy embraces all the consequences of considering species as lineages of reproductive populations, encouraging the use of as many lines of evidence as possible, but without negating that a single line may also be the only one providing evidence for a particular species. Species cannot only be those reproductive populations showing broad character congruence and/or reproductive isolation, due to the different degrees of character congruence, as well as of reproductive isolation, that result from the heterogeneity of evolutionary processes causing lineage splitting and divergence. Also, any kind of character - and not only those established by tradition or fashion - is potentially relevant as evidence of lineage divergence. To conciliate the authors who only see species supported by broad character congruence as good species hypotheses, we explain how a hypothesis can gain corroboration using single or multiple lines of evidence, even in cases of discordance with other lines of evidence. Finally, we propose guidelines to identify the expected degree of stability (preliminary, unstable, and stable) of species hypotheses. © 2010 The Linnean Society of London, Biological Journal of the Linnean Society, 2010, 101, 747-756.

Keywords: corroboration; lineage; species concept

Document Type: Research article

DOI: 10.1111/j.1095-8312.2010.01528.x

28 de septiembre de 2010

Why Trees Are Important

Authors
Edward O. Wiley1

1Ecology and Evolutionary Biology and Biodiversity Institute, University of Kansas, Lawrence, KS 66045, USA

Abstract
Abstract
The Tree of Life is the result of the interplay of changes in information and speciation. Almost 100 years after publication of Darwin’s Origin, the inception of Phylogenetic Systematics has resulted in a revolution in data inference. I briefly trace the development of this revolution and show examples of how data are interpreted relative to phylogenetic trees. I then provide brief discussions of how to read tree diagrams and the need to access the quality of phylogenetic inference.
Keywords
Phylogenetic systematics, Phylogenetic trees, Cladistic

Tomado de: http://www.metapress.com/content/b5462355045l0h8m/

30 de agosto de 2010

Sagas of the Children of Time: The Importance of Phylogenetic Teaching in Biology

Sagas of the Children of Time: The Importance of Phylogenetic Teaching in Biology

Journal: Evolution: Education and Outreach
DOI 10.1007/s12052-010-0268-3
HTML

Daniel R. Brooks
Ecology & Evolutionary Biology, University of Toronto, Toronto, ON M5S 3G5, Canada
Abstract
Theodosius Dobznahnsky said nothing in biology makes sense except in the light of evolution. Nothing in evolution makes sense except in the light of the historical emergence of species. Species are the biological “children of time.” If we seek to understand them, historical narratives are essential elements of our causal explanations. Phylogenetic systematic analysis provides the Rosetta Stone for uncovering that narrative.

Keywords
Children of time, Phylogenetic narrative, Teaching, Evolution, Historical explanations

18 de mayo de 2010

Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology

Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology -- Kembel et al. 26 (11): 1463 -- Bioinformatics

Steven W. Kembel,*, Peter D. Cowan, Matthew R. Helmus, William K. Cornwell, Helene Morlon, David D. Ackerly, Simon P. Blomberg and Campbell O. Webb.

Abstract

Summary: Picante is a software package that provides a comprehensive set of tools for analyzing the phylogenetic and trait diversity of ecological communities. The package calculates phylogenetic diversity metrics, performs trait comparative analyses, manipulates phenotypic and phylogenetic data, and performs tests for phylogenetic signal in trait distributions, community structure and species interactions.

Availability: Picante is a package for the R statistical language and environment written in R and C, released under a GPL v2 open-source license, and freely available on the web (http://picante.r-forge.r-project.org) and from CRAN (http://cran.r-project.org).

10 de mayo de 2010

Rudimenthos: Revision Darwin, Metagenòmica y la "Nueva Ecologìa"

Rudimenthos: Revisiòn Darwin, Metagenòmica y la "Nueva Ecologìa"

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Éste es una breve revisión de metagenómcia y sus recientes avances en metagenómica y la aplicación de las herramientas de la biología molecular a la ecología. A nuestro entender, los enfoques metagenómicos representan una culminación del legado de Darwin como la aproximación al mundo natural visualizando individualmente a los organismos como el producto de su historia evolutiva delineada por su funcionamiento e interacción con su entorno abiótico y con otros organismos.
.....

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2 de febrero de 2010

Lo destacado en la literatura reciente

Phylogenetic morphometrics (I): the use of landmark data in a phylogenetic framework
Santiago A. Catalano a,b,* , Pablo A. Goloboff a,c and Norberto P. Giannini a,d

a Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas ; b Fundación Miguel Lillo, Miguel Lillo 251, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; c Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; d Programa de Investigaciones de Diversidad Biológica Argentina, Facultad de Ciencias Naturales, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina
*Corresponding author:

Cladistics 26: (2010).
Published Online: 28 Jan 2010

ABSTRACT

A method for the direct use of aligned landmark data (2D or 3D coordinates of comparable points) in phylogenetic analysis is described. The approach is based on finding, for each of the landmark points, the ancestral positions that minimize the distance between the ancestor/descendant points along the tree. Doing so amounts to maximizing the degree to which similar positions of the landmarks in different taxa can be accounted for by common ancestry, i.e. parsimony. This method requires no transformation of the aligned data or the results: the data themselves are the x, y, z coordinates of the landmarks, and the output of mapping a character onto a given tree is the x, y, z coordinates for the hypothetical ancestors. In the special case of collinear points, the results are identical to those of optimization of (continuous) additive characters.

Accepted 21 November 2009
DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)
10.1111/j.1096-0031.2010.00302.x About DOI

28 de enero de 2010

TreeVector: Scalable, Interactive, Phylogenetic Trees for the Web


Pethica R, Barker G, Kovacs T, Gough J, 2010. TreeVector: Scalable, Interactive, Phylogenetic Trees for the Web. PLoS ONE 5(1): e8934. doi:10.1371/journal.pone.0008934

We introduce TreeVector, a Scalable Vector Graphics–and Java-based method that allows trees to be integrated and viewed seamlessly in standard web browsers with no extra software required, and can be modified and linked using standard web technologies. There are now many bioinformatics servers and databases with a range of dynamic processes and updates to cope with the increasing volume of data. TreeVector is designed as a framework to integrate with these processes and produce user-customized phylogenies automatically. We also address the strengths of phylogenetic trees as part of a linked-in browsing process rather than an end graphic for print.
.......
TreeVector is a robust, open source software product for the biological community. Phylogenetic trees can be plotted from data files generated from popular software using the NEXUS format producing scalable vector graphics. TreeVector represents a significant advance on existing software, making use of standards and technologies which may not have been established when previous products were developed. Specifically TreeVector offers new levels of flexibility and interactiveness lending itself well to dynamic web-based implementations.

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http://www.plosone.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0008934

5 de enero de 2010

Lo destacado en la literatura reciente

The conflation of ignorance and knowledge in the inference of clade posteriors
Christopher P. Randle a,* and Kurt M. Pickett b
a Department of Biological Sciences, Sam Houston State University, Huntsville, TX 77341-2116, USA ; b Department of Biology, University of Vermont, 316 Marsh Life Science Building, Burlington, VT 05404, USA
*Corresponding author.
Cladistics 26: (2009) 1-10.
Published Online: Jan 4 2010 3:13PM

ABSTRACT

The objective Bayesian approach relies on the construction of prior distributions that reflect ignorance. When topologies are considered equally probable a priori, clades cannot be. Shifting justifications have been offered for the use of uniform topological priors in Bayesian inference. These include: (i) topological priors do not inappropriately influence Bayesian inference when they are uniform; (ii) although clade priors are not uniform, their undesirable influence is negated by the likelihood function, even when data sets are small; and (iii) the influence of nonuniform clade priors is an appropriate reflection of knowledge. The first two justifications have been addressed previously: the first is false, and the second was found to be questionable. The third and most recent justification is inconsistent with the first two, and with the objective Bayesian philosophy itself. Thus, there has been no coherent justification for the use of nonflat clade priors in Bayesian phylogenetics. We discuss several solutions: (i) Bayesian inference can be abandoned in favour of other methods of phylogenetic inference; (ii) the objective Bayesian philosophy can be abandoned in favour of a subjective interpretation; (iii) the topology with the greatest posterior probability, which is also the tree of greatest marginal likelihood, can be accepted as optimal, with clade support estimated using other means; or (iv) a Bayes factor, which accounts for differences in priors among competing hypotheses, can be used to assess the weight of evidence in support of clades.
©The Willi Hennig Society, 2009.
DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)
10.1111/j.1096-0031.2009.00301.x
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123232287/abstract?

5 de diciembre de 2009

Filogenética bajo Verosimilitud con un enfoque para "PhDs"

ResearchBlogging.orgA cuantos de nosotros el Profesor del curso de Filogenética nos obligó a calcular la longitud (parsimonia) y/o verosimilitud de un árbol, "a mano"? La idea de esta experiencia "pedagógica" era entender los procedimientos y cálculos básicos en los métodos filogenéticos.

Bueno, ahora los profesores de este siglo ya no hacemos eso. Pero, los estudiantes a partir de mañana tendrán que hacer P O R S E P A R A D O la selección de modelos con ModelTest, la verosimilitud con PhyML y las probabilidades Bayesianas con Mr Bayes y todas las estimaciones de estabilidad, robustez, soporte, etc con varios programas particulares. Para que sufran!

Además, es por su bien! Sin duda ese "sufrimiento" es la única manera que les permitirá entender los métodos y les hará apreciar las bondades del nuevo paquete integrado de programas: "PALM: Phylogenetic reconstruction with Automatic Likelihood Model selectors". Se ha anunciado la disponibilidad de este paquete en un articulo recién publicado en PlosONE: Shu-Hwa Chen et al. 2009. PALM: A Paralleled and Integrated Framework for Phylogenetic Inference with Automatic Likelihood Model Selectors.
Fantástico!


Esta plataforma no es para instalarse en su computadora personal. Funciona desde un servidor al que el usuario ingresa sus datos de secuencias y recibe los arboles y otros resultados de los análisis. Así de sencillo! Se evita "el sufrimiento" de esas tareas que consumen tanto tiempo de computadora personal: cálculo para seleccionar el mejor modelo, cálculo del mejor árbol, cálculo de bootstraps, y otras propiedades de los árboles, etc etc. Demasiado tedioso y complicado! Mejor aún, los autores de PALM nos garantizan que ya no necesitaremos estudiar y preocuparnos por educarnos y entender lo que hacemos:
"However, such time consuming, computationally intensive tasks rely on knowledge of substitution model theories and related expertise to run through all possible combinations of several separate programs. "
"researchers unfamiliar with phylogenetic analysis can easily use this server to submit sequences, retrieve the output, and re-submit a job based on a previous result if some sequences are to be deleted or added for phylogenetic reconstruction."
"PALM is an integrated framework of ClustalW, PhyML, MODELTEST, ProtTest and several in-house programs to evaluate the fitness of 56 substitution models for nucleotide sequences and 112 substitution models for protein sequences with scores in various criteria. It is especially useful for biologists to perform phylogenetic analyses without prerequisite computer skills."

Esto viene en el Resumen y Discusión del articulo como una de las mejores caracteristicas del paquete! Así que todos demos gracias a PALM, pues integra ahora operaciones de ClustalW, PhyML, ModelTest y varios otros programas. La estructura del sistema de programas funcionando en paralelo en varios procesadores simétricos (symetrical multiprocesors, SMP) en varios CPUs veloces, trabajando bajo LINUX Ubuntu, garantizan un trabajo rápido y fluido, administrado por módulos (PalmDaemon, PalmMonitor, PalmTree y Palm job controller).

Desde el punto de vista del usuario, PALM inicia cuando se ingresa una matriz de secuencias o de aminoácidos pre-alineada en formato FASTA. El usuario ahora aprovecha el tiempo para otras cosas mas interesantes y productivas (como jugar a publicar en web mediante blogs como este). Mientras tanto, como parte del flujo de tareas automáticas en el servidor, PALM primero instruye a ClustalW para ejecutar un alineamiento definitivo. El alineamiento se transfiere a PhyML/ModelTest para la selección del mejor modelo. La combinación del alineamiento definitivo y el mejor modelo se somete a la tarea de cálculo del mejor árbol usando PhylML. El usuario es notificado vía correo electrónico para visitar una página web donde se despliega su arbol y su articulo publicado en "Molecular Phylogenetics and Evolution"! Un click ... un artículo!











Eso es lo que muchos quisieran, ........ pero no, .... solo se obtienen los resultados. En la versión futura?

Los autores nos prometen que en una futura versión de PALM integrarán más programas de alineamientos y también probabilidades Bayesianas:
"Other advanced algorithms for ML inference, e.g., DPRml , MrBayes and RAxML, can be integrated into PALM to provide Bayesian estimates of phylogeny and handle large phylogenetic trees in the future."

La idea de una versión PhD (Push here Dummy) para hacer filogenias no es nueva. En el afán de facilitar el uso de los programas filogenéticos, las secuencias de comandos para las operaciones y la presentación gráfica de árboles, casi todos los programas disponibles (excepto PhylLip?!) desde hace años han evolucionado hacia interfases cada vez más "user friendly". Eso ha sido bueno. Quien recuerda la supremacía de PAUP en el ambiente grafico de MAC en los 80´s cuando la competencia eran PAUP y otros programas que solo corrían con lineas de comandos en DOS o Windows 3.1? Recuerdo en esos años, eventualmente apareció TreeGardener como una interfase gráfica para facilitar el uso de Hennig86 y versiones o programas subsecuentes hasta WINCLADA y NONA.

La llegada de PALM ahora facilitará aun más la ejecución "point and click" de análisis filogenéticos bajo la epistemología de los métodos de máxima verosimilitud para las nuevas generaciones de estudiantes e investigadores.
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Chen S-H, Su S-Y, Lo C-Z, Chen K-H, Huang T-J, et al. (2009). PALM: A Paralleled and Integrated Framework for Phylogenetic Inference with Automatic Likelihood Model Selectors plosone, 4 (12) : e8116. doi:10.1371/journal.pone.0008116
web http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0008116
pdf
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Cual cree Ud que sea el efecto?:
  • Beneficiará a la comunidad que hace estudios filogenéticos?
o
  • Perjudicará la situación educativa promoviendo el uso a ciegas de los métodos de verosimilitud?
Que opina? Escriba su comentario:

30 de julio de 2009

Linux para filogenética: PhyLIS


Mac OS le parece caro? Windows .... caro y muy problemático? Bueno pues ahora sera más fácil adoptar Linux como sistema operativo en su investigación filogenética. No solo Linux es gratis sino mucho mas robusto y estable (al menos comparado con Windows), por lo cual en los últimos años este sistema operativo ha estado ganando popularidad, especialmente entre la comunidad científica.

Ahora el nivel de dificultad para instalar Linux y configurar la numerosa colección de programas ya disponibles para análisis filogenéticos ha disminuido significativamente con la disponibilidad de PhyLIS o "Linux Filogenético para Informática y Sistemática" (Phylogenetic Linux for Informatics and Systematics).
PhyLIS incluye dos componentes: el sistema operativo Linux y una colección básica de programas filogenéticos (los que han sido gratis). La configuración tanto del sistema operativo como de los programas incluidos ya esta lista para solo instalar y trabajar.
" ..... [PhyLIS] comes with most commonly used
phylogenetic software pre-compiled, installed,
and configured, which allows this software to
be executed by simply typing the appropriate
command (Table 1). PhyLIS also contains popular
scripting languages (and appropriate phyloinformatic
packages) including Perl (with BioPerl), Python
(with BioPython), and R (with several packages).
It implements parallel versions of several particularly
processor-intensive programs using MPI (including
BEST,4 MrBayes,5 and raxML).6 PhyLIS aims to
present a complete phylogenetic workbench for all
steps of analysis from sequence data manipulation to
alignment and tree search, including visualization (for
alignments and trees), model selection, divergence
time estimation, macroevolutionary analyses and
tools for automation and batch analysis." (Thomson, 2009).

Si aun no ha entrado al mundo Linux, esta es una muy buena oportunidad.

Para bajar el archivo de instalacion ISO ingrese al sitio web de PhyLIS.

Referencia:
Thomson RC. 2009. PhyLIS: a simple Gnu/Linux distribution for phylogenetics and phyloinformatics. Evolutionary Bioinformatics. 5:91-95 (Link)

30 de abril de 2009

Cladistics: Analisis de una matriz gigante de >73000 UT

ResearchBlogging.orgEsto si que es difícil de creer: el análisis cladístico de una matriz "super gigante" de 73060 entidades. Así es, no es error de dedo, más de 73 mil unidades terminales! Este análisis portentoso fue efectuado por un equipo basado en Tucumán (Argentina) liderado por Pablo Goloboff. La referencia del artículo, por ahora solo disponible en linea, es:
Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups
Pablo A. Goloboff, Santiago A. Catalano, J. Marcos Mirande, Claudia A. Szumik, J. Salvador Arias, Mari Källersjö and James S. Farris.
Cladistics
http://dx.doi.org/10.1111/j.1096-0031.2009.00255.x

ABSTRACT
Obtaining a well supported schema of phylogenetic relationships among the major groups of living organisms requires considering as much taxonomic diversity as possible, but the computational cost of calculating large phylogenies has so far been a major obstacle. We show here that the parsimony algorithms implemented in TNT can successfully process the largest phylogenetic data set ever analysed, consisting of molecular sequences and morphology for 73 060 eukaryotic taxa. The trees resulting from molecules alone display a high degree of congruence with the major taxonomic groups, with a small proportion of misplaced species; the combined data set retrieves these groups with even higher congruence. This shows that tree-calculation algorithms effectively retrieve phylogenetic history for very large data sets, and at the same time provides strong corroboration for the major eukaryotic lineages long recognized by taxonomists.
Antes de este logro, la idea de matriz "grande" andaba en los 500-1000 unidades terminales (Uts), y los más ambiciosos se esforzaban por ensamblar y analizar matrices de 1500 a 2000 unidades. Obviamente las dificultades para realizar análisis filogenéticos crecen desmesuradamente con cada unidad agregada a la matriz. Los intentos de exploración del enorme espacio de los arboles con estrategias y software convencional (como PAUP) no permitían ni siquiera ver la posibilidad de intentar el análisis de matrices gigantes. Entonces, Goloboff et al (2009) como lo lograron?
Ademas del trabajo tenaz y laborioso que implica compilar una matriz con tantas unidades terminales y caracteres moleculares y morfológicos, la clave del éxito fueron las capacidades analíticas de este grupo de investigadores usando el software TNT.

Bye bye Super-Trees, bienvenidas las SUPER-MATRICES!!!
-
Goloboff, P., Catalano, S., Marcos Mirande, J., Szumik, C., Salvador Arias, J., Källersjö, M., & Farris, J. (2009). Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups Cladistics DOI: 10.1111/j.1096-0031.2009.00255.x
-

15 de febrero de 2009

Análisis cienciométrico del estado de la Sistemática en Latinoamerica

Todos estamos conscientes de que Latinoamérica es una zona de contrastes en diversas esferas. En cuanto a la producción científica sobre sistemática sin duda hay varios investigadores latinoamericanos de primer nivel mundial. Pero prevalece un rezago general, principalmente en educación, infraestructura de investigación y otros recursos. Un excelente estudio de la sistemática practicada en Latinoamérica nos da una visión detallada del estado de la taxonomía contemporánea a nivel local.
El diagnostico se elaboró a partir de los artículos y las revistas publicados por investigadores de la región disponibles en la base de datos Periódica (Índice de Revistas Latinoamericanas en Ciencias).

Los resultados son mas que interesantes y reveladores de debilidades y fortalezas. La producción en español sobre sistemática de la región publicada en las revistas locales se genera principalmente en tres países, México, Brasil y Argentina. Los artículos tratan especialmente sobre taxonomía descriptiva y se relacionaron con la ecología, la anatomía, la histología y la biología acuática. Los grupos más representados fueron los insectos y las angiospermas. Resalta que el 87% de los artículos taxonómicos describen nuevas especies, listas de especies, nuevos registros, claves y morfología. Solo el 1.8% de los artículos son sobre "evolución y filogenia".

Les recomiendo el articulo completo:

Michán, L., J. M. Russell, A. Sánchez Pereyra, A Llorens Cruset y C. López Beltrán. 2008. Análisis de la sistemática actual en Latinoamérica. Interciencia 33(10): 754-761.

La versión electrónica esta disponible aquí:
http://www.scielo.org.ve/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0378-18442008001000010&lng=es&nrm=iso

13 de enero de 2009

Numero de aniversario del Amer. J. Botany gratis


El numero de Enero del American Journal of Botany esta disponible en linea gratis hasta el 12 de febrero, aniversario del nacimiento de Darwin. Los articulos pueden ser bajados como PDFs individualmente.
free access to all of the articles in AJB Darwin Special Issue: The abominable mystery.

22 de octubre de 2008

Botany: Growing flowers

T . Barkman , M . Bendiksby , S . Lim , K . Salleh , J . Nais , D . Madulid , T . Schumacher. 2008. Accelerated Rates of Floral Evolution at the Upper Size Limit for Flowers. Current Biology 18: 1508 - 1513.


The world's largest flowers, of the Southeast Asian Rafflesia genus, which mimic the smell and appearance of rotting flesh, evolved much more quickly and more often than botanists expected.

Todd Barkman of Western Michigan University in Kalamazoo and his team hypothesized that it would have taken a long time for the Rafflesia flowers to evolve from their smaller ancestors to their current maximum size of one metre in diameter because of the many structural and physiological changes required to support such large flowers. To their surprise, they found that the flowers of some Rafflesia species have more or less doubled in size during the past one million to two million years. As Barkman points out, it is hard to imagine a giraffe doubling the length of its neck in the same time frame. The scientists suggest that even bigger flowers could evolve in future.

Fuente de la información: Research Highlights, Nature 455, 1010 (23 October 2008) | doi:10.1038/4551010a; Published online 22 October 2008.

20 de octubre de 2008

Bosque: integrated phylogenetic analysis software



Ramírez-Flandes S. & O. Ulloa (2008).
Bosque: Integrated phylogenetic analysis software.
Bioinformatics 24(21):2539-2541;

doi: 10.1093/bioinformatics/btn466

Summary:
Phylogenetic analyses today involve dealing with computer files in different formats and often several computer programs. Although some widely used applications have integrated important functionalities for such analyses, they still work with local resources only: input/output files (users have to manage them) and local computing (users have sometimes to leave their programs, on their desktop computers, running for extended periods of time). To address these problems we have developed ‘Bosque’, a multi-platform client–server software that performs standard phylogenetic tasks either locally or remotely on servers, and integrates the results on a local relational database. Bosque performs sequence alignments and graphical visualization and editing of trees, thus providing a powerful environment that integrates all the steps of phylogenetic analyses.

Availability: http://bosque.udec.cl

Contact: sram@profc.udec.cl

28 de abril de 2008

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